小高源吾是一位热爱巨兽的漫画家，然而他创作的巨兽总是得不到上司的认可。一天，一个怪兽乐园的工作人员对他的作品很感兴趣，于是邀请他加入团队。刚开始，小高为能够得到这份工作感到高兴，但是在工作过程中却发生了许多奇怪的事件。同时，哥斯拉派遣安基拉斯前往日本，小高渐渐发现这其中竟然隐藏着一场阴谋，而且这场阴谋的目标竟然是哥斯拉与地球......。《战龙哥斯拉之决战宇宙魔龙》就此展开。