明朝天启时期，左都御史杨涟因得罪魏忠贤而被错误投入监狱，魏忠贤指使东厂和锦衣卫秘密消灭了杨家全族。徐长卿受王冬青之托，秘密营救了杨涟的孙女杨紫萱，长卿舍身保护紫萱，将她从应山府逃到龙泉村的同仁医馆投靠刘谦。刘谦感念恩师杨涟的恩情，收留紫萱为关门弟子，细心照料并传授医学知识。几人共同经营医馆，生意兴隆，却招致了同行郎中吴南星的嫉妒，最终引起了魏忠贤的注意，他派出多批刺客前来医馆追杀杨家孤女紫萱，目的只为销毁账本（杨涟所留魏忠贤通敌的证据）。江湖风云再起。 在韩佩兰和徐长卿等人的保护下，刘谦和紫萱准备转移，却意外遇到梅李庄传来的瘟疫，刘谦不顾个人安危，多次施救救助百姓。最终，在刘谦以及诚王和王冬青的共同努力下，瘟疫得以控制，刘谦也赢得了“侠医”美誉，大太监魏忠贤最终被推翻，杨涟也得到了崇祯皇帝的平反，并被追封为“忠烈”。