《绝世战魂动画版》的故事发生在水城，玄灵宗首次选拔弟子。方秦两家为了决定命运展开了激烈的竞争。秦南依靠自己的努力和战神之魂成功打败了方家，进入了宗门。然而，他却因为萧轻雪被逼婚的事情招惹了宗主之子欧阳君的仇视。为了变得更加强大，他不断挑战强敌，赢得了万象大比和外门大比的冠军，还探索了九字真言塔，与冷锋决战生死殿，破解了北海家围困临水城的危机。他发誓要与宗门的敌人战斗到底，绝不退缩。