影片《流氓医师》讲述了刘文医生（由梁朝伟扮演）的故事。虽然他外表看起来玩世不恭，但实际上他是一个敏感、洞察力强的人。他对当前不公正的医疗体系感到厌恶，因此决定在红灯区开设诊所。他擅长医术，慷慨地帮助贫苦大众。他的病人包括勇敢的警察（由刘青云饰演）和风尘女子等等。除了治愈疾病，他还愿意倾听这些普通人的心声，成为他们的朋友。然而，他却遭到昔日朋友的陷害，面临着医生执照被吊销的危险。