故事背景设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。一天，一名外星人意外坠落到地球，手持着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并被赋予“究极”的头衔。这个失去过去记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人的模样，被称为“宙人”。刚来到地球的宙人充满好奇，积极地与人类接触和了解这些陌生的生命形式。随着神秘的巨型生物接连出现，宙人的尘封记忆被唤醒，他认出这些生物正是他记忆中的“怪兽”。面对怪兽的威胁，内心深处的使命感促使他变身成为奥美迦奥特曼，开始与怪兽激烈对抗。与此同时，地球上的人类对于突然出现的巨型生物和手持红色头镖与之交战的巨人感到困惑。为了揭开真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事的发展，来自外星的宙人与一名普通青年慢慢成为并肩作战的伙伴。故事将通过他们之间的友情和经历，深入探讨“奥特曼为何要保护地球”的奥秘。现在正是宙人觉醒的时刻。